主要作業為採收果實，應特別注意採收成熟度的判斷及機器傷害的防止，以晴天為宜，避免雨天採收。時間宜選在早晨露水乾後至中午氣溫上升以前，避免溫度過高加速果實黃化。在昏暗的傍晚採收，容易誤判果實成熟度。依市場或買家規範進行分級作業，果實逐粒以蔬果套保護，一般市場以果蒂朝下放置包裝出貨，但是在雨季或蒂腐病嚴重時期，此舉將增加蒂腐病發生的機率，改善方法為確認果蒂傷口乾燥癒合後平放裝箱，或盡量帶果蒂採收。夏天不經催熟轉色時間約為1 ~ 2天，冬天則為2 ~ 3天。
此外，木瓜為連續性果樹，穩定收穫果實為獲利關鍵，因此須特別注意營養的維持，尤其是成熟葉片業面積必須維持在3平方公尺以上，葉片主脈長度約45公分，葉柄長約1 ~ 1.2公尺以上，使得樹體光合產能得以維持。夏季霪雨及冬季短日期間應避免著果過多，容易造成樹體迅速衰敗。
〔參考資料：木瓜有機栽培技術手冊。高雄區農業改良場。行政院農業委員會〕